Istoria Agenției de Investiții începe încă din anul 1999, fiind cunoscută atunci ca Organizația de Promovare a Exportului din Moldova (MEPO), activitatea căreia era reglementată de Hotărârea Guvernului nr. 105 din 02.02.1999.

Anul 2014, a adus modificări în modul de funcționare a Organizației. Astfel încât, în conformitate cu Hotărârea Guvernului nr. 109 din 12.02.2014 a fost decisă transformarea din Organizația de Promovare a Exportului din Moldova, în Organizația de Atragere a Investițiilor și Promovare a Exportului din Moldova (MIEPO). 

Un moment important în istoria Agenției a fost anul 2018, când, prin Hotărârea Guvernului nr. 322/2018, s-a decis reorganizarea prin transformare în Agenția de Investiții, cu statut de Autoritate Administrativă Centrală din subordinea Guvernului. 
Pe parcursul anilor, Agenția a urmărit ca principal obiectiv crearea unui mediu de afaceri favorabil și atragerea investițiilor în țară. În această perioadă, Agenția și-a consolidat rolul și și-a extins portofoliul de servicii oferite investitorilor, devenind un partener de încredere în stimularea dezvoltării economice

Anul 2023 a marcat un nou capitol important în istoria Agenției de Investiții. Prin Hotărârea Guvernului nr. 439/2023, Agenției i s-a atribuit statutul de Instituție Publică. Această schimbare a reprezentat o evoluție semnificativă în dezvoltarea Agenției, oferindu-i mai multă flexibilitate, eficiență și autonomie în gestionarea resurselor și în îndeplinirea obiectivelor sale.
Prin intermediul unei echipe dedicate și a unei abordări proactive, Agenția de Investiții a demonstrat că este un partener de încredere pentru investitori, manifestând un angajament ferm pentru asigurarea succesului lor pe piața moldovenească. 

În prezent, Agenția de Investiții reprezintă instituția-cheie în promovarea și facilitarea investițiilor străine în Republica Moldova și continuă să își desfășoare activitatea cu aceeași dedicație și angajament pentru a atrage investiții de calitate, care să sprijine diversificarea economiei.